Юрий Васильевич родился (9) 21 июня 1897 года в Полтаве. После окончания гимназии, он поступил в Петроградский политехнический институт, но вскоре был призван в армию. Окончив школу прапорщиков, принимал участие в боевых действиях на Кавказе в годы Первой мировой войны. В 1919 году А.И. Шаргей был мобилизован в армию в стан белогвардейцев, но сбежал из военного эшелона, лишившись всех документов. Реалии гражданской войны вынудили его скрывать своё прошлое и использовать чужие документы. Так А. И. Шаргей превратился в Ю.В. Кондратюка. Это обстоятельство во многом предопределило судьбу всех его будущих открытий и изобретений.
Чтобы тайна о смене имени не раскрылась, Кондратюк согласился на работу на Северном Кавказе, а в 1927 году по приглашению Сибирской краевой конторы «Хлебопродукт» Юрий Васильевич переехал в Новосибирск. Здесь он занимался переоснащением старых и строительством новых элеваторов, разрабатывал оборудование для добычи угля.
В Новосибирске в январе 1929 года на средства, полученные за изобретения, он издал главный труд своей жизни – книгу «Завоевание межпланетных пространств». В этой работе он описал устройство многоступенчатых ракет и двигателей, состав топлива, межпланетные промежуточные базы, способы возвращения на Землю… К сожалению, небольшой тираж книги стал причиной её малой известности. Юрия Кондратюка, жившего по чужим документам, знал лишь узкий круг специалистов, и масштаб его научной мысли долгое время недооценивался.
Из небытия имя Кондратюка вернулось в 1970 году, после успешной миссии американской экспедиции «Apollo» на Луну. Астронавтам удалось реализовать идею ученого только спустя 50 лет после того, как она была сформулирована.
Многие предложения Кондратюка были воплощены в жизнь. Так, он первым в мире выдвинул идею использовать металл в качестве горючего в ракетном топливе, описал скафандр, когда не существовало самого этого понятия, объяснил, где должен располагаться космонавт при взлёте и посадке, чтобы перегрузки не стали для человека смертельными.
Сегодня именем Юрия Кондратюка названы кратер на обратной стороне Луны, малая планета (астероид) Солнечной системы, космическая «трасса», по которой человек впервые достиг Луны. В его честь названы улицы в Киеве и в Москве, площадь и музей в Новосибирске и Полтавский национальный технический университет. В Полтаве ему установлен памятник. Его имя внесено в Галерею космической славы в г. Аламогордо (Нью-Мексико, США).